Do đại dịch COVID-19 ở Đức, vào ngày 8 tháng 3 năm 2020, Bộ trưởng Bộ Y Tế, Jens Spahn đề nghị hủy các sự kiện với hơn 1.000 người.[8] Ngày hôm sau, DFL thông báo rằng mùa giải Bundesliga sẽ được hoàn thành để đảm bảo việc lên kế hoạch cho mùa giải tiếp theo, và bất kỳ sự trì hoãn nào cũng sẽ được áp dụng cho tất cả các trận đấu ở vòng đấu đó.[9] Vào ngày 10 tháng 3, trận đá bù giữa Borussia Mönchengladbach và 1. FC Köln vào ngày 11 tháng 3 được thông báo sẽ diễn ra đằng sau những cánh cửa đóng, trường hợp đầu tiên trong lịch sử giải đấu.[10] Do những sự hạn chế của địa phương đối với các cuộc tụ tập công cộng, tất cả các trận đấu ở vòng đấu 26 (13–16 tháng 3) dự kiến được diễn ra mà không có khán giả.[11] Tuy nhiên, vòng đấu này sau đó đã bị hoãn vào ngày 13 tháng 3 vì lý do an toàn.[6] Vào ngày 16 tháng 3, đại hội đồng DFL đã hoãn giải đấu cho đến ít nhất ngày 2 tháng 4 và lên lịch một cuộc họp khác cho tuần cuối cùng của tháng 3 để thảo luận về việc giải đấu nên tiếp tục diễn ra như thế nào.[12] Đại hội đồng DFL, tại cuộc họp của họ vào ngày 31 tháng 3, đã chọn kéo dài việc hoãn giải đấu cho đến ít nhất ngày 30 tháng 4 theo khuyến nghị của Ủy ban điều hành.[13][14] Tại cuộc họp, DFL đã thành lập một đội đặc nhiệm y học thể thao và tổ chức trận đấu đặc biệt chịu trách nhiệm cho việc xem xét một phương án an toàn để giải đấu tiếp tục trở lại.[15]

Vào ngày 13 tháng 3 năm 2020, Luca Kilian của SC Paderborn là cầu thủ Bundesliga đầu tiên xét nghiệm dương tính với COVID-19.[16] Đến ngày 21 tháng 3 năm 2020, một số câu lạc bộ, bao gồm Eintracht Frankfurt và Hertha BSC, đã bị cách ly sau khi nhiều cầu thủ và nhân viên đã xét nghiệm dương tính, và hầu hết những người khác không thể tập luyện do lệnh giới nghiêm hoặc cơ sở bị đóng cửa.[17] DFL xem xét các kịch bản có thể xảy ra để kết thúc mùa giải một cách bình thường.[17] Tuy nhiên, một số nhà virus học dấy lên nghi ngờ, cho rằng bất kỳ trận đấu bóng đá chuyên nghiệp nào ở Đức, bao gồm cả những trận đấu đằng sau những cánh cửa đóng, là không thực tế trong ít nhất 12 tháng tới.[18][19] Trong báo cáo của mình cho cuộc họp DFL ngày 31 tháng 3, nhà virus học Alexander Kekulé đã đề nghị huỷ bỏ mùa giải hiện tại.[20] Vào ngày 4 tháng 4 năm 2020, ông lý giải rằng về nguyên tắc, các trận đấu đằng sau những cánh cửa đóng là có thể, nhưng sẽ yêu cầu các biện pháp mở rộng, bao gồm tổng cộng khoảng 20.000 bộ xét nghiệm COVID-19 cho cầu thủ và nhân viên (xét nghiệm mọi cầu thủ trước khi bắt đầu mỗi trận đấu) và kiểm dịch mở rộng cho mọi người liên quan. Kekulé nghi ngờ rằng những biện pháp đó có thể được bảo đảm tại thời điểm khi các xét nghiệm cho dân số nói chung bị thiếu hụt.[20][21]

Vào ngày 3 tháng 4 năm 2020, DFL báo cáo rằng tình hình tài chính của hầu hết các đội nghiêm trọng hơn so với suy nghĩ. Trong số 36 câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp ở Bundesliga và 2. Bundesliga, 13 câu lạc bộ sẽ phải tuyên bố phá sản vào tháng 5 hoặc tháng 6 trừ khi giải đấu trở lại đến thời điểm đó, bao gồm 4 đội từ Bundesliga. 12 trong số các câu lạc bộ đã sử dụng phí giấy phép chưa thanh toán (phụ thuộc vào việc mùa giải được tiếp tục) để trả các khoản nợ tháng 3 cho các chủ nợ.[22][23] Tại cuộc họp ngày 31 tháng 3, DFL đã quyết định rằng các câu lạc bộ tham gia tố tụng phá sản trong mùa giải này sẽ không bị trừ điểm như thông thường và các câu lạc bộ tham gia tố tụng mùa tới chỉ bị trừ ba điểm thay vì chín điểm như thông thường.[24]

Đến ngày 23 tháng 4 năm 2020, DFL đã nhắm ngày 9 tháng 5 là ngày có thể tổ chức Bundesliga trở lại.[25] Tuy nhiên, mục tiêu này đã gặp phải trở ngại khi 1. FC Köln tuyên bố vào ngày 1 tháng 5 rằng ba người tại câu lạc bộ đã xét nghiệm dương tính mà không có bất kỳ triệu chứng nào.[26] Điều này được thực hiện như một phần của làn sóng 1.724 lần xét nghiệm được thực hiện liên quan đến nhân sự của 36 câu lạc bộ Bundesliga và 2. Bundesliga, phối hợp với Bộ Lao động và Xã hội Liên bang, kết quả là có thêm 7 trường hợp dương tính cộng thêm với số trường hợp của Köln.[27] Sau khi tham khảo ý kiến với chính phủ Đức, thủ tướng Angela Merkel và lãnh đạo các bang của Đức đã phê chuẩn việc tổ chức trở lại các giải đấu trong nửa cuối tháng 5, với các trận đấu được tổ chức đằng sau những cánh cửa đóng.[28][29] Ngày hôm sau, DFL xác nhận rằng Bundesliga sẽ trở lại vào thứ Bảy ngày 16 tháng 5, với vòng đấu 26.[30] Vòng đấu cuối cùng của mùa giải (vòng 34), dự kiến ban đầu vào ngày 16 tháng 5, sẽ diễn ra vào ngày 27 tháng 6.[3] Vòng play-off xuống hạng giữa đội xếp thứ 16 của Bundesliga và đội xếp thứ 3 của 2. Bundesliga được diễn ra như dự kiến. Theo điều lệ giải đấu, các câu lạc bộ ở Bundesliga và 2. Bundesliga được yêu cầu phải thi đấu tất cả các trận đấu sau khi trở lại, kể cả khi một số cầu thủ xét nghiệm dương tính, miễn là đội có đủ cầu thủ khỏe mạnh.[31] Vào ngày 14 tháng 5, sau cuộc họp của tất cả các câu lạc bộ, năm sự thay đổi cầu thủ được cho phép, điều mà IFAB đã tạm thời chấp nhận, theo sau đề xuất bởi FIFA để giảm bớt tác động của lịch thi đấu dày đặc.[32][33][34] Đài truyền hình Sky Sport thông báo rằng trong hai tuần đầu tiên sau khi giải đấu trở lại, Bundesliga và 2. Bundesliga sẽ được phát trên truyền hình miễn phí ở Đức, để ngăn chặn những cuộc tụ tập của những người mà không có thuê bao truyền hình trả tiền.[35]